Tužilaštvo USK je Lipovači stavljalo na teret da je 15. maja 2014. godine, kao v. d. ministra unutrašnjih poslova USK, zloupotrebom svog položaja, tačnije bez provedene procedure javnog konkursa i bez prethodne odluke Vlade USK, postavio jednu osobu na poziciju direktora Uprave za administraciju i podršku MUP-a, time grubo kršeći odredbe Zakona o državnim službenicima i namještenicima u organima državne službe Unsko-sanskog kantona.
Kako objašnjava njegov advokat, u prvostepenoj presudi se navodi da Lipovača nije znao da potpisujući sporni dokument krši odredbe Zakona o državnim službenicima i namještenicima. Sud je na stavu da su ga na to su ga trebali upozoriti tadašnji sekretar MUP-a USK, kao i sekretar Vlade USK.
Pred Kantonalnim sudom u Bihaću Lipovači se, uz još nekoliko osoba, trenutno sudi i za tzv. aferu Stens, a optužnica ga tereti za zloupotrebu položaja ili ovlasti, krivotvorenje službene isprave te nezakonito ugovaranje radova na rekonstrukciji Sportsko-rekreacionog centra Stens u Bihaću, čime je od 2006. do 2009. za više od pola miliona maraka oštećen budžet Grada Bihaća.