Sud je Šešelju ostavio mogućnost da u raspravi učestvuje iz Beograda, posredstvom video veze, ukoliko ne bude mogao da putuje u Haag.
Krajem marta 2016. godine, Haški tribunal oslobodio je Šešelja optužbi po svih devet tačaka optužnice za zločine počinjene na području BiH, Hrvatske i Vojvodine.
Većina članova Vijeća zaključila je da Tužilaštvo nije dokazalo postojanje udruženog zločinačkog poduhvata, kao i da Šešelj nije kriv za progon, deportaciju, mučenje, bezobzirno razaranje i pljačkanje od augusta 1991. do septembra 1993. godine.
Haško tužilaštvo podnijelo je žalbu na presudu u augustu iste godine, te zatražilo da Šešelj bude proglašen krivim ili da se postupak obnovi pred Mehanizmom za međunarodne tribunale – institucije osnovane da okonča rad Haškog tribunala.
Tužilaštvo je navelo da prvostepeno vijeće nije dalo obrazloženje za svoje zaključke o učešću Šešelja u udruženom zločinačkom poduhvatu te poticanju zločina, kao i da nije pravilno cijenilo sve dokaze.
Šešelj je prethodno više puta izjavljivao kako se neće svojevoljno vratiti u Haag.